1. Виявлення та визначення локалізації  пухлин головного мозку та їх метастазів.

2. Діагностика рецидивів пухлини після хірургічного або консервативного лікування.

3. Виявлення та визначення локалізації інфарктів мозку, запальних процесів та крововиливів.

За 40 хвилин перед введенням РФП потрібно прийняти у відділенні радіонуклідної діагностики внутрішньо 5 мг розчиненого в воді перхлорату калію (для блокади щитоподібної залози). Дослідження проводиться через 1 годину  після внутрішньовенного введення 100-200 МБк ^99mTc-пертехнетату. Дослідження проводиться в планарному і в томографічному режимах. При планарному дослідженні виконують збір інформації в 4 проекціях: передній та задній прямих, правій та лівій бокових. При проведенні ОФЕКТ виконують реконструкцію отриманих зображень в аксіальній, сагітальній та фронтальній площинах.

В нормі ^99mTc-пертехнетат не проникає крізь гематоенцефалічний бар’єр, тому виявлення ділянок патологічної фіксаціі РФП в тканинах головного мозку свідчить про порушення його проникності та наявність вогнищевих утворень (крововиливу, інфаркту, пухлини та ін.). З метою уточнення локалізації цих ділянок та визначення співпадіння їх з вогнищами, виявленими ретгенологічно, проводять співставлення емісійних томографічних проекцій з рентгенологічними даними, або виконують ОФЕКТ/КТ.